يتكون المسجد من صحن أوسط مكشوف سماوي يحيط به أربعة أروقه أكبرها وأعمقها رواق القبلة الذي يعلو محرابه قبة مكسوة ببلاطات القيشاني
مشروع ترميم مسجد الناصر محمد بن قلاوون يشمل أعمال رفع كفاءة المسجد من حيث أعمال نظافة للأحجار الداخلية بأروقة المسجد وإزالة الإتساخات